Từ Tầm Thường Đến Bất Khả Chiến Bại 3 kể về học sinh cao trung Nagumo Hajime hay bị bắt nạt bởi nhóm Hiyama Daisuke vì quá thân thiết với nữ thần tượng của lớp là Shirasaki Kaori. Khi cả lớp bị dịch chuyển tới thế giới khác, các bạn học đều có những kỹ năng ma thuật mạnh mẽ, trong khi cậu chỉ có kỹ năng giả kim, một kỹ năng thông dụng dùng để sáng tạo và chế tác. Trong một lần thám hiểm hang động, cậu bị phản bội bởi bạn học của mình và bị đẩy tới cuối tận cùng của vực thẳm. Mặc dù sống sót, cậu bị quái thú tấn công và mất đi tay trái. Vô tình uống nước thánh và sau khi ăn thịt quái thú, cậu được tăng thể chất, sức mạnh và pháp thuật. Kết hợp với kỹ năng giả kim, cậu chế tạo vũ khí để thoát khỏi hang động và trở nên mạnh hơn. Trong cuộc hành trình của cậu, cậu gặp được một cô bé ma cà rồng bị giam giữ tên là Yue, sau đó là cô gái tai thỏ Shea, cô gái rồng Tio, và những người khác.