Totto Chan: Cô Bé Bên Cửa Sổ kể về cuộc sống của một cô bé tên Totto Chan, một cô bé đầy năng động, sáng tạo và đôi khi khá nghịch ngợm. Totto-Chan bị đuổi khỏi trường học thông thường vì tính cách khác biệt và thường xuyên phá vỡ các quy tắc lớp học. Mẹ của Totto-Chan quyết định tìm một ngôi trường khác phù hợp với cô bé hơn, và đưa cô đến trường Tomoe Gakuen, một ngôi trường đặc biệt với triết lý giáo dục tiên tiến.