Sự Trỗi Dậy Của Khiên Hiệp Sĩ 3 kể về Iwatani Naofumi sau khi đánh bại Spirit Tortoise, Naofumi không có thời gian nghỉ ngơi. Một cuộc tấn công từ Guardian Beast tiếp theo sắp xảy ra, nhưng ba Cardinal Heroes khác đã mất tích. Vì vậy, Naofumi và nhóm của anh lên đường tìm kiếm bộ ba huyền thoại.