Sonic Prime 2 kể về sự kiện sau trận chiến bùng nổ với tiến sĩ Eggman tàn phá vũ trụ, Sonic gấp rút băng qua nhiều chiều không gian song song để tìm lại bạn bè và cứu thế giới. Với sự giúp đỡ của nhóm đồng minh đủ thành phần ở Vũ Trụ Vỡ Vụn, Sonic chiến đấu với hội đồng Chaos để giành quyền kiểm soát Lăng Kính Đảo Ngược hùng mạnh, lần lượt từng Mảnh vỡ.