Nguyên Tôn kể về Chu Nguyên, bản thân là thái tử của Đại Chu vương triều và có trong mình vận khí Thánh Long, chẳng may Chu Nguyên lại bị Đại Vũ quốc lập mưu cướp đoạt ngay từ khi chào đời. Đó cũng là nguy cơ khiên Đại Chu vương triều đứng bên bờ diệt vong. Và cũng từ đó mà câu chuyện bắt đầu mở ra, Chu Nguyên bằng tất cả nỗ lực và sự giúp đỡ từ sư phụ, những người bạn, bắt đầu bước vào con đường tu luyện để giành lại những gì vốn thuộc về mình.