Gia Đình Điệp Viên kể về Twilight, điệp viên hàng đầu của Westalis phải điều tra chính trị gia người Ostanian là Donovan Desmond bằng cách xâm nhập vào trường học của con trai ông ta. Dưới vỏ bọc Loid Forger, một bác sĩ, Twilight đã nhận nuôi cô bé mồ côi Anya và kết hôn giả với Yor Briar rồi cho Anya nhập học tại học viện Eden mà không hề hay biết hai người này cũng có thân phận bí mật: Yor là sát thủ được mệnh danh Công chúa Thorn còn Anya là siêu năng lực gia có khả năng đọc suy nghĩ. Tuy khởi đầu là một gia đình giả mà cả ba đều lợi dụng lẫn nhau, nhưng theo thời gian, họ dần nhận ra tầm quan trọng của hai người kia trong trái tim mình.