Cậu Bé Hanako Sau Giờ Học kể về linh hồn Hanako-kun và trợ lý con người của cậu, học sinh năm nhất Nene Yashiro, giữ gìn hòa bình giữa các thế lực siêu nhiên và học sinh của Học viện Kamome. Khi không chiến đấu để duy trì sự cân bằng giữa thế giới sống và thế giới linh hồn, họ dành thời gian của mình như thế nào? Hãy tham gia cùng Hanako-kun và Nene trong cuộc phiêu lưu sau giờ học của họ!